Набор магнитов на холодильник для молекулярного моделиров...

Набор магнитов на холодильник для молекулярного моделирования.

Молекулы — это группы атомов, связанных вместе, начиная от маленьких, таких как молекулярный водород, состоящий всего из двух атомов, и до огромных, таких как ДНК, содержащая миллиарды атомов! Наборы для химического моделирования могут помочь нам осмысленно визуализировать молекулы.

Этот набор разработан с учетом 3D-печати и предназначен для отображения на плоской поверхности, так же, как мы рисуем молекулы на бумаге. Вставив небольшие магниты, вы также можете прикрепить свои модели к холодильнику или любой другой магнитной поверхности.

Всего из нескольких десятков атомов количество уникальных молекул, которые вы можете создать, просто ошеломляет и исчисляется миллионами.

Форма или геометрия молекулы также зависит от гибридизации атомов внутри нее. Например, углерод с sp3-гибридизацией (как в метане) может иметь связи с 4 соседними атомами, тогда как углерод с sp2-гибридизацией (как в бензоле) может иметь только 3.

Поскольку углы между этими связями разные, убедитесь, что для создаваемой вами молекулы выбраны правильные типы атомов. (Подробнее об этом в общих примечаниях ниже). Обратите внимание: поскольку этот набор моделирования ограничен в 2D, валентные углы не обязательно точны в 3D.

Что касается типов атомов, которые у нас есть (пока!):

Водород:

Х_2D

Углерод:
Csp3_square_2D: углерод sp3, который может образовывать 4 связи в квадратной геометрии.
Csp3_methyl_2D: углерод sp3, искаженный для моделирования метильных боковых цепей.
Cps2_2D: углерод sp2, способный образовывать 3 связи, встречается в бензоле и алкенах.
Cps2_BC_L_2D: особый бициклический углерод sp2, который может образовывать 3 связи, обнаруженные на пересечении шести- и пятичленных колец, как в кофеине. (Левая ориентация)
Cps2_BC_R_2D: особый бициклический углерод sp2, который может образовывать 3 связи, обнаруженные на пересечении шести- и пятичленных колец, как в кофеине. (Правильная ориентация)
Csp2_5C_2D: циклический углерод sp2, обнаруженный в 5-членных кольцах, таких как фуран.
Csp_2D: sp-углерод, который может образовывать 2 связи, как в диоксиде углерода и алкинах.

Азот:
Nsp2_2D: азот sp2, образующий 3 связи (также может использоваться для sp3 N в аммиаке). Nsp2_pyridine_2D: азот sp2, обнаруженный в пиридине.
Nsp2_5C_имидазол_2D: азот sp2 в имидазоле с неподеленной парой.
Nsp2_5C_2D: азот sp2 в имидазоле с водородными связями.
Nsp_2D: азот sp, как в атмосферном N2.

Кислород:
Osp3_2D: кислород sp3, обнаруженный в гидроксильных группах и воде. (также может использоваться для фурана) Osp2_2D: кислород sp2, используемый для карбонильных групп и молекулярного кислорода.

Также включены плюс и стрелки для изображения химических уравнений.

Рекомендуемые цвета атомо��

Что касается цветов атомов, я обычно рекомендую следовать рекомендациям, установленным https://en.wikipedia.org/wiki/CPK_coloring.

т.е. водород (белый), углерод (черный или темно-серый), азот (синий), кислород (красный), сера (желтый).

Общие замечания

Атомы должны просто сцепляться друг с другом, сталкивая их на границе раздела связей. Они также легко разбираются при сгибании. Если вы хотите превратить свою модель в набор магнитов на холодильник, прочтите раздел послепечатной обработки ниже.

Поскольку этот набор моделирования представляет собой двумерное представление молекул, многие сложные трехмерные молекулы нелегко представить.

Важные замечания по созданию циклических структур!

Между типами атомов существуют небольшие различия в валентных углах. При создании кольцевой конструкции убедитесь, что внутренние символы на стороне плоской поверхности совпадают. При использовании шестиугольных колец убедитесь, что на внутренних углах имеется символ «X». Для пятичленных колец должен быть символ «P». Создание молекулы пурина (которая имеет соединенные шести- и пятичленные кольца) может быть сложной задачей, поскольку для этого требуются специальные атомы углерода «Cps2_BC_L» и «Cps2_BC_R» на стыке колец. Убедитесь, что буквы «X» направлены к центру шестиугольного кольца, а буквы «P» — к центру пятиугольного кольца.

Примечания:

Распечатайте кусочки атома плоской поверхностью вниз.

Попробуйте распечатать с максимально возможным разрешением, чтобы получить наилучшее качество изображения.

Части атома должны четко соединяться друг с другом. Чтобы разорвать связи, попробуйте осторожно наклониться от земли.